Ngày 23/3/1801, một bước ngoặt mới trong sự nghiệp của Kutuzov đã xảy ra. Nga hoàng Pavel I bị một nhóm quý tộc, dẫn đầu bởi tướng Nikolay Zubov, ám sát ngay tại cung điện. Có lẽ vì Pavel I là một nhà cai trị độc đoán, luôn muốn mọi việc phải tuân theo ý mình và không để các thuộc cấp tự do hành động, khiến cho họ bất mãn. Cụ thể, khi tướng Aleksandr Suvorov phản đối Nga hoàng về việc huấn luyện và trang bị cho quân đội Nga theo kiểu Phổ,[20] ông ta ngay lập tức bị lưu đày. Thêm nữa, việc Pavel I tham gia liên minh chống Anh với tổng tài Pháp Napoléon Bonaparte đã gây tổn hại đến quyền lợi của giới quý tộc Nga.

Trong chiến dịch ở Alps năm 1800, Suvorov được phục chức để chỉ huy quân viễn chinh, nhưng người Nga chẳng giành được kết quả đáng kể mà chủ tướng của họ (Suvorov) lại mất trên đường hành quân. Điều này ví như giọt nước tràn ly trong mối quan hệ quân-thần trong triều đình Nga, buộc giới quý tộc cấu kết với thái tử Alexander để tổ chức đảo chính. Sau đó, Zubov thông báo với thái tử Aleksandr về việc này. Thái tử lên nối ngôi ngay sau đó, tức Nga hoàng Aleksandr I.[21] Tuy vậy, không có bằng chứng nào cho thấy Kutuzov có tham gia vào cuộc đảo chính.

Dưới thời Nga hoàng Aleksandr, nhóm tướng lĩnh thân cận trước đây của cố nguyên soái Aleksandr Suvorov (đặc biệt là Kutuzov) vẫn bị thất sủng. Ban đầu, Kutuzov được cử làm thanh tra bộ binh Phần Lan kiêm thống đốc Sankt-Petersburg. Nhưng đến ngày 29/8/1802, ông bất ngờ bị Nga hoàng cách chức[18]. Có giả thiết cho rằng Kutuzov từng biết và nghi ngờ Aleksandr I có dính líu vào vụ ám sát Pavel I, vì vậy ông trở thành cái gai trong mắt Nga hoàng.

Trong 3 năm kế tiếp, Kutuzov lại trở về quê nhà Volynia, ông sống cô độc bằng nghề nông. Kutuzov đã thử nghiên cứu các giống cây mới, nhưng không có đủ tiền kinh doanh. Các vết thương cũ tái phát, mắt phải thì mù hẳn. Ông bắt đầu lo lắng cho cuộc sống về già của mình.[21]